Zakład Komunikacji Miejskiej powołany został Uchwałą Prezydium MRN w Ełku z dnia 5 kwietnia 1973r.
Uruchomienie komunikacji nastąpiło 20 lipca 1973r. Dysponowano wówczas 2 autobusami, które kursowały na trasie Wojska Polskiego (obecny postój taksówek) – Kombinat Mięsny. Do końca roku ilość autobusów wzrosła do 9. Były to autobusy SAN H 100B. W tym czasie były już uruchomione 3 linie: Nr 1 Kombinat Mięsny – Szyba, Nr 2 Kombinat Mięsny – Siedliska, Nr 3 Dworzec PKP – Straduny.
W pierwszym półroczu funkcjonowania komunikacji przewieziono 403 tys. pasażerów.
W roku 1974 ilość autobusów wzrosła do 11 szt., uruchomiona została też czwarta linia Kombinat Mięsny – Nowa Wieś Ełcka. Łączna długość linii komunikacyjnych wyniosła 31km.
W roku 1978 komunikacja dysponowała 20 autobusami w tym 11 autobusów SAN, 7 Autosan i 2 Jelcze. W tym czasie komunikacja obsługiwała 5 linii otwartych o łącznej długości 37 km oraz 4 linie zamknięte obsługujące zakłady pracy. W tym roku przewieziono łącznie 4.650 tys. pasażerów.
W roku 1991 została podjęta decyzja o przekształceniu PGKiM i wyodrębnieniu Miejskiego Zakładu Komunikacji jako samodzielnej jednostki organizacyjnej. Uchwała Nr XII/85/91 z dnia 26 marca 1991r. Miejskiemu Zakładowi Komunikacji nadała status zakładu budżetowego. W chwili powołania MZK dysponował 23 jednostkami tj. 4 Autosanami z 1985r, 19 Jelczami w tym 5 z 1987r, 5 z 1988, 8 z 1989 i jednym z 1990r.
W roku 2007 na bazie istniejącego zakładu budżetowego utworzona została spółka z o.o. ze 100% udziałem Gminy Miasta Ełk.
W roku 2008 do spółki przystąpiła Gmina Ełk.
Od roku 2010 MZK spółka z o.o. obsługuje 17 linii autobusowych, które przebiegają przez obszar Miasta Ełk, Gminy Ełk i Gminy Stare Juchy.
W roku 2011 uruchomiono 18 linię autobusową.
W 2015 roku zoptymalizowano siatkę połączeń do 16 linii co pozwoliło wyodrębnić 3 grupy linii: 5 typowo miejskich, 3 linie miejskie z wybranymi kursami obsługującymi teren Gminy Ełk oraz 8 linii podmiejskich łączących miasto Ełk z okolicznymi miejscowościami gmin Ełk i Stare Juchy.
W roku 2017 miastu Ełk jako beneficjentowi zostały przyznane środki z Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Warmińsko-Mazurskiego na lata 2014-2020 na projekt pn. Rozwój zrównoważonego transportu publicznego w Mieście Ełku co zaowocowało zakupem 6 autobusów hybrydowych marki Volvo. Autobusy weszły do służby w latach 2019 – 2020 przyczyniając się do znacznej redukcji emisji CO2 oraz zwiększając atrakcyjność i komfort podróży.
Od 2021 roku w ramach Porozumienia Międzygminnego spółka obsługuje Miasto Ełk i Gminę Ełk.
W roku 2021 kolejne 2 autobusy marki Volvo z napędem hybrydowym zasiliły tabor Miejskiego Zakładu Komunikacji w Ełku. Zakup zrealizowano również dzięki środkom z Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Warmińsko-Mazurskiego pozyskanym przez miasto Ełk. Tym samym ilość autobusów z napędem ekologicznym wzrosła do 8, co stanowi 23% całego taboru.
Obecnie tabor Miejskiego Zakładu Komunikacji w Ełku stanowi 35 w 100% niskopodłogowych autobusów, wyposażonych w dynamiczną informację pasażerską. W większości są to Mercedesy Citaro, ok. 70%, ale także Volvo i Iveco.
